Nel 1999 per effetto del riassetto del sistema degli enti pubblici operanti nel settore culturale, la Quadriennale da Ente autonomo è trasformata in Fondazione. A presiederla è chiamato nel 2001 Luigi Zanda. È abolita la figura del Segretario generale. Barbara Paccagnella è direttore generale. Nominato consigliere Rai, Zanda si dimette nel 2002 e la carica di presidente è assegnata allo scrittore Gino Agnese.
Il Consiglio di amministrazione della Fondazione vara la XIV Quadriennale secondo un programma espositivo articolato in tre appuntamenti nel biennio 2003-2005. Per la prima volta si esce dalla capitale, con due Anteprima a Napoli (2003) e a Torino (2004) dedicate ai giovani artisti e una mostra conclusiva a tutto campo alla Galleria Nazionale d’Arte Moderna (2005). La mostra romana, accanto a un nucleo di cento artisti viventi, apre una finestra sull’arte internazionale e comprende due retrospettive dedicate alle Quadriennali del ’31 e del ’48.
Nel frattempo, nel 2004 la Fondazione cambia sede e si trasferisce nel complesso monumentale di Villa Carpegna. Nello stesso anno promuove il convegno “Arte e cultura negli anni Novanta” e riprende la pubblicazione dei “Quaderni della Quadriennale”.
Nel 2008 al Palazzo delle Esposizioni di Roma si svolge la 15a Quadriennale d’arte. L’impianto critico della mostra è affidato a Chiara Bertola, Lorenzo Canova, Bruno Corà, Daniela Lancioni, Claudio Spadoni. Se la precedente edizione estendeva lo sguardo fino ai maestri degli anni Sessanta-Settanta ancora in attività, questa volta l’attenzione è circoscritta alle generazioni di artisti che hanno iniziato ad affermarsi in Italia a partire dagli anni Novanta. In apertura della mostra, che espone 99 artisti, un omaggio a Luciano Fabro, a un anno dalla scomparsa. Il secondo mandato di Gino Agnese è prorogato dal 2009 al 2011. Ilaria Della Torre è nominata direttore generale. Si intensificano le attività a Villa Carpegna, tra le quali il ciclo espositivo Artista CHIAMA artista, con tre appuntamenti dedicati alle nuove generazioni di artisti. Con il centenario del Futurismo, si inizia a lavorare a un’edizione aggiornata e ampliata degli “Archivi del Futurismo” (De Luca Editori d’arte). Nel gennaio 2012 il giornalista Jas Gawronski è chiamato alla presidenza della Quadriennale. Il monitoraggio delle arti visive in Italia dopo il Duemila produce la pubblicazione “Terrazza. Artisti, storie, luoghi, negli anni Zero” (Marsilio editore). L’approfondimento sul Novecento ha per esito il ciclo di incontri e mostre a Villa Carpegna “Arte in Italia negli anni ’70. Le parole e le immagini” a cura di Daniela Lancioni.
