Con gli anni Ottanta termina l’era Bellonzi. Il nuovo segretario generale è il critico d’arte Giuseppe Gatt, il presidente Giuseppe Rossini, allora direttore della terza rete televisiva Rai. L’XI Quadriennale (1986), oltre a una sezione storica sul periodo 1950-1980, si sviluppa a raggiera in sei sezioni tematiche che documentano le diverse situazioni formative e culturali della metà degli anni Ottanta.
Agli inizi degli anni Novanta l’Ente realizza alcune mostre storiche di importante rilievo scientifico, come Secessione romana 1913-1916 e la fondamentale retrospettiva su Prampolini (1992). Per il contemporaneo, si pensa a una XII Quadriennale in tre tappe sotto il tema “Italia 1950-1999”. Di queste se ne realizza solo la prima, Profili (1992), una mostra storico-critica che attraverso 33 artisti, presenti ciascuno con più opere, documenta ogni orientamento delle espressioni più originali e incisive dell’arte italiana dell’ultimo quarantennio.
L’impasse istituzionale che l’Ente conosce nei tre anni successivi si conclude con un cambiamento ai vertici. Alla presidenza è chiamata la storica dell’arte Lorenza Trucchi. Floriano De Santi è segretario generale. Barbara Paccagnella è nominata direttore generale.
Il Consiglio di amministrazione Trucchi vara Ultime generazioni (1996). La mostra riesce a captare la vivacità delle nuove leve attive nell’area che gravita intorno a Milano e Bologna, senza trascurare l’ambito romano presente con gli esponenti della scuola di San Lorenzo e i giovani.
Con la mostra storica Valori plastici (1998) e la XIII Quadriennale Proiezioni 2000 (1999) si chiudono gli anni Novanta. Parallelamente viene pubblicato un volume su Oppo e inizia il lavoro di ordinamento dell’Archivio storico della Quadriennale.
